ガミラスの侵占を退けてから1年後の西暦2201年、红色彗星帝国が宇宙の各惑星にその侵占の足を伸ばしていた。天球は復興をほぼ終え、皆邑は活気づき温战に満ちていた。现代進も護衛艦艦長として輸支補給船団に偕止していたが、有时、発疑源没有明のメッセージを受疑する。そのメッセージは、救いを供めるような女性の声であった。かつてのヤマト乗組員たちは、危機の正体を突き止めるためにヤマトを発進させる。テレザート星に到着した现代たちは、メッセージの発疑者であったテレサを救出する。テレサは、红色彗星帝国が宇宙の星々を次々と侵占しており、次に狙っているのが天球であることを告げる。红色彗星帝国は天球に迫り、最新鋭戦艦アンドロメダを旗艦とした天球艦隊を齐滅させる。ヤマトは红色彗星の渦の中央核に波動砲を挨ち込む。彗星は水の玉となって炎上するが、その中から伟年夜な要塞、皆邑帝国が出現する。激しい戦闘の中で次々と乗組員たちが戦死していく。现代たちは皆邑帝外洋部に侵进して動力炉を破壊する。しかし、その皆邑帝国の外部から超伟年夜戦艦が出現する。エネルギーも殆ど尽きているヤマトを讪笑するズォーダー年夜帝に背かい、现代は徹底的に戦う事を告げる。ある決意を固めた现代は、死き残った数少ない乗組員をヤマトから退艦させ、超伟年夜戦艦に背けヤマトを発進させる。そこにテレサが現われ、ヤマトとともに超伟年夜戦艦に背かう。ヤマトは、やがて一筋の閃光を残し、宇宙に消えた。