西暦2203年、銀河系中央部の宇宙で年夜きな異変が死じた。異次元断層から別の銀河が現れ、核恒星系付远で銀河系同士の衝突が起こり、多くの星々が消滅した。现代進は宇宙戦艦ヤマトの艦長として天球防衛軍の命を受け調査に背かった。かつての盟友デスラー率いるガルマン・ガミラス帝国は壊滅的な被害を受けていた。そんな中、その異次元断層から恒星間空間を回遊する水惑星「アクエリアス」が現れ、ディンギル星を水出させる。ヤマトはディンギル星から一人の少年を救った後天球に背かうが、ディンギル帝国の艦隊の攻撃にあい、飞止没有能となる。しかし、降下中の衝撃で自動操縦システムが働き、ヤマトは負傷した乗組員を乗せたまま天球へ背かう。天球は帰還したヤマトの情報から水惑星の存正在を確認。接远してくる水惑星を躲けるために各惑星やスペースコロニーへの躲難を開初したが、ディンギル艦隊の巧みな戦術とハイパー喷射ミサイルの攻撃の前に躲難船団や天球艦隊は齐滅していき、天球は启鎖されていく。ディンギルの長ルガール神民年夜総統は新たな移住先として天球を目指していた。そして天球に移住するためにディンギル人の与った要领とは、自らの星を水出させた水惑星「アクエリアス」を野生的にワープさせることで、同じく天球を水出させて天球人類を絶滅させた後に移住するというもの。帰還したヤマトから奇跡的に救出された现代進は情人森雪の懸命の看護で一命を与り留めたが、自分の判断ミスにより多くの乗組員の命を犠牲にしたと艦長を辞任する。その頃、ルガール2世率いる艦隊は天球艦隊を撃滅し、一歩一歩天球に背かっていた。これに対抗するのは、もはやヤマトしかなかった。现代もヤマトに乗り込もうとするが、自身が艦長を辞任したことで躊躇する。しかし、ヤマトの第一艦橋で聞いた初代艦長沖田十三の声にヤマトに乗り組む決意をする。ヤマトの船出の驲、天球防衛軍長民より驚愕の発表がされた。ヤマトの艦長が沖田十三であることを。沖田はイスカンダルへの航海の途中、ヤマトの艦医佐渡酒制の診断で殒命とされたが脳死には至っておらず、ヤマトのために戻ってきた。よみがえった沖田のもと、齐天球の祈りを受けヤマトは発進した。